御祭神は全て女神様をお祀りしているところから女性の守り神とされ、良縁・子授け・安産等にご利益があると信仰されています。特に「女人厄除け」の神社として有名です。歴代皇后の御崇敬が篤く、現在も「皇后陛下勅願所」であります。女人厄除けの神様をお祀りしているは、全国でも大変珍しい。
平安時代、当社境内は平安京唯一の官営市場であり、全国から産物が集められ貴族から庶民にいたるまで多くの人々で賑わっていました。平安京の官営左右両市の守護社として創建され、現在でも京都中央市場の守り神として市場市有地のほぼ中央に位置する場所にご分社が祀られています。元は堀川の七条にありましたが、豊臣秀吉の時代に現在の地に移されました。
以来、商いの祖神とされ、現在も分社として「市比賣社・市姫社」が全国に祀られています。昭和二年、日本で初めての公設市場として中央卸市場が開設された折、構内に御分社「市姫神社」が創建されました。当社は総本宮として現在でも多くの人々の信仰を集めています。
本殿は神社建築としては大変珍しく、北向きに建てられています。これは当社が皇室守護の神社であることから、北面し建てられていると伝えられます。
御神像 二体
「藤原冬嗣公・弘法大師作」また、「花山天皇御勅作」と伝わるご神像が二体ご本殿お厨子内に奉じられる。御神像が奉られる神社自体少ないが、内一体のお子様を抱かれた女神像は歴史的にも珍しい。江戸時代後期の大飢饉以来その御扉が開かれる事はなかったが、御鎮座千二百年を迎える式年大祭(平成五年)に、一般公開された。現在は京都国立博物館の要請により、国立博物館預かりとなる。
手水舎「瀞」（すがすがしい）
「瀞（すがすがしい）」とは「清」、「浄」の文字が組み合わさった文字で「自分の心をすがすがしくしなさい」。という意味を表しています。